Laporan Praktikum ke-7&8                Hari/Tanggal   : Selasa/11 November 2014

m.k Penyakit Organisme Akuatik       Kelompok       : XII

Asisten            : -

                         

DETEKSI PENYAKIT VIRAL KHV (KOI HERPES VIRUS) PADA IKAN MAS MENGGUNAKAN PCR

Disusun oleh:

Sunarni

C14120075

 

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2014

I.    PENDAHULUAN

1.1        Latar Belakang

Dalam lingkungan perairan, ikan senantiasa  kontak dengan jasad patogen seperti bateri, virus maupun protozoa yang berpotensi menginfeksi ikan. Masuknya jasad patogen ini tergantung dari lingkungan, ikan dan organisme patogen. Jika ikan tidak memiliki daya tahan yang baik maka ikan akan mudah terserang penyakit (Sari 2003).

Penyakit  yang  muncul  dalam  lingkungan  budidaya dapat disebabkan karena dua faktor, yaitu penyakit infeksi dan penyakit non infeksi. Penyakit  infeksi  disebabkan  karena  mikroorganisme,  seperti  cendawan,  bakteri, Virus.  Sedangkan  penyakit  non  infeksi  disebabkan  oleh  lingkungan,  seperti  faktor lingkungan, kekurangan asupan nutrisi, iklim, dan sebagainya.

Salah satu penyakit infeksius yaitu penyakit KHV. Penyakit KHV (Koi Herpes Virus) merupakan penyakit yang digolongkan sebagai penyakit utama di Indonesia. Penyakit ini menyerang ikan koi dan ikan mas. Penyakit ini sudah menyebar diseluruh Indonesia sehingga mengakibatkan produksi ikan mas mengalami penurunan (Sulistiyowati E et al 2010). Sehingga diperlukan cara untuk mengatasi penyakit KHV tersebut, salah satunya dengan metode PCR.

1.2        Tujuan

Tujuan dari praktikum kali ini adalah agar mahasiswa mengetahui cara mendeteksi penyakit viral pada ikan dengan menggunakan metode PCR.

II.     METODOLOGI

2.1    Waktu dan Tempat

Praktikum deteksi viral KHV pada ikan mas menggunakan PCR dilaksanakan pada hari Selasa, tanggal 14 oktober 2014 dan selasa 4 November 2014. Praktikum ekstraksi DNA dilaksanakan pada hari Selasa tanggal 14 oktober 2014 dan praktikum PCR dan elektroforesis dilakukan pada hari selasa 4 November 2014 di Laboratorium Marine Sains Technology (MST), Departemen Budidaya Perairan.

2.2    Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan adalah termoshake, mikropipet, mikrotube, mikrotipe, kit pure gene A, sentrifuge, vortex, mesin PCR, elektroforesis, kulkas.  Bahan-bahan yang digunakan adalah ikan mas, ETOH 70%, isopropanol 300 µl, protein presipitation solution 50 µl, proteinase k 150 µl, pp, buffer, MgCl2, dNTP, primer forward, primer reverse, IEW dan DNA.

2.3    Prosedur

2.3.1 Ekstraksi DNA

Bahan yang digunakan dalam praktikum sudah dilisis dan diinkubasi kemudian ditambahkan pp, selanjutnya divortex selama 10 detik dengan kecepatan sedang. Mikrotube disentrifugasi dengan kecepatan 1300 rpm pada suhu ruang selama 10 menit. Supernatan yang terbentuk diambil dengan mikropipet. Setelah terambil supernatant dimasukkan atau dipindahkan ke dalam mikrotube yang baru yang telah berisi isopropanol 300 µl lalu diinkubasi selama 10 menit. Mikrotube disentrifugasi dengan kecepatan 1300 rpm selama 10 menit. Supernatant yang terbentuk kemudian dibuang dan ditambahkan 1 µl ETOH 70%. Selanjutnya divortex selama 10 detik kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 10 menit. Supernatan dibuang kemudian dikering udarakan,

2.3.2 Amplifikasi dengan PCR

            IEW dimasukkan ke dalam mikrotube sebanyak 20 µl, Primer forward 2 µl dan primer reverse 2 µl dimasukkan dimasukkan ke dalam mikrotube dengan mikropipet, kemudian sampel DNA 1µl dimasukkan ke dalam mikrotube. Mikrotube divortex lagi selama beberapa detik dan selanjutnya di PCR

2.2.3 Visualisasi dengan Elektrforesis

            Gel agarosa diwarnai dengan ethidium bromide (EtBr) kemudian diinkudasi selama 1 jam dan selanjutnya dilakukan pengamatan dibawah lampu UV dan difoto menggunakan kamera digital.

           

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1  Hasil

Berikut ini adalah gambar hasil visuaisasi elektroforesis

                                    Gambar 1. Visualisasi dengan elektroforesis

Keterangan :                   1-13   : sampel

                                      -         : kontrol Bahan           

                                      +        : kontrol positif

Berdasarkan gambar diatas dapat diketahui bahwa sampel yang terdeteksi ada 5 sampel yaitu sampel ke 3, 4, 8, 11 dan  12. Hal tersebut ditandai dengan hasil pita yang menunjukkan poaiai 300 bp.

3.2  Pembahasan

            Koi Herpes Virus (KHV) merupakan penyakit virus yang menyerang ikan mas dan koi. Sejak terjadinya wabah ikan mas yang disebabkan oleh KHV pada tahun 2002 produksi ikan mas di Indonesia mengalami kelesuan hingga sekarang. Infeksi KHV yang bermula terjadi di pulau Jawa telah menyebar ke Bali, Sumatera, dan Kalimantan Selatan (Ciptoroso et al 2006). Infeksi KHV ditandai dengan adanya bercak putih serta kematian masal pada ikan yang terserang. Selain itu biasanya diikuti oleh adanya infeksi sekunder berupa luka atau bercak putih di permukaan tubuh yang diinfeksi oleh bakteri seperti Aeromonas hydrophila ataupun Flexibacter columnaris.

            KHV telah menyebar hampir disemua daerah budidaya ikan mas di Indonesia. Hal itu sesuai dengan data yang telah terserang KHV berdasarkan keputusan mentri kelautan dan perikanan nomor: KEP. 03/MEN/2010 tentang jenis-jenis hama dan penyakit ikan karantina, golongan, media pembawa dan sebarannya ( Saselah et al 2012)

Pengendalian virus yang baik terdapat pada manajemen budidaya. Pengendalian dapat dilakukan melalui karantina terhadap pemasukan ikan-ikan baru, dengan menempatkan secara terpisah dari ikan-ikan lainnya dalam jangka waktu 2-4 minggu. Selama masa karantina tersebut, ikan diamati tingkah laku dan kesehatannya. Namun, bagaimanapun baiknya sistem karantina, sulit menjamin ikan tersebut bebas dari virus, hal ini disebabkan metode yang ada untuk mendeteksi virus masih terbatas dan virus dapat hadir dalam tubuh inang tanpa menunjukkan gejala klinis (Irianto 2005).

Penanganan penyakit KHV dapat dilakukan dengan Pemanfaatan Cr-yeast yang dicampurkan dalam pakan telah dilakukan di Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Tawar (BBPBAT Sukabumi) pada tahun 2006 dengan tujuan untuk meningkatkan daya tahan ikan mas dalam rangka pengendalian Koi Herpes Virus (KHV) dan menekan mortalitas akibat KHV (Ciptoroso et al 2006)

Dari hasil penelitian Ciptoroso et al (2006) menunjukkan Cr-yeast memberikan respon positif terhadap sintasan pemeliharaan maupun sintasan setelah uji tantang. Sintasan pemeliharaan ikan mas untuk masing-masing perlakuan A, B, C dan D secara berurutan adalah: 77.70%, 74.50%, 67.80% dan 54.30%. Sedangkan sintasan setelah uji tantang berturut-turut adalah: 67.66%, 63.33%, 50.00% dan 20.00%. Selain itu pengendalian atau penanganan virus dapat dilakukan dengan pemberian vaksin seperti yang dilakukan dalam penelitian Fitria (2009) bahwa vaksin DNA dengan dosis 12.5 μg/100μl dapat mempertahankan kelangsungan hidup ikan mas yang terinfeksi KHV sebesar 96.7% selama 29 hari setelah uji tantang.

Berdasarkan hasil praktikum dapat diketahui bahwa sampel 3, 4, 8, 11 dan  12 terdeteksi penyakit KHV ditandai dengan hasil elektroforesis pada 300 bp.  Sampel yang positif terinfeksi KHV akan terbentuk pita pada posisi 290-300 bp ( Mulyani et al 2011) sedangkan sampel yang lain tidak terdeteksi penyakit KHV.

IV. KESIMPULAN DAN SARAN

4.1    Kesimpulan

Berdasarkan hasil praktikum dapat disimpulkan bahwa penyakit viral KHV dapat dideteksi dengan menggunakan PCR

4.2    Saran

Diharapkan untuk pratikum selanjutnya praktikan lebih kondusif sehingga materi dapat diterima dengan baik.

DAFTAR PUSTAKA

Saselah JT, Reiny AT, Henky M. 2012. Determinasi Molekular Koi Herpes Virus KHV yang diisolasi dari ikan koi cyprinus carpio koi. Jurnal perikanan dan  kelautan tropis. Vol VIII-2

Ciptoroso, E mudjiutami dan Ayi S. 2006. Pemanfaatan immunostimulan (Cromium Yeast) untuk pengendalian penyakit pada ikan mas (internet) [diunduh 2014 Nov 10]. Tersedia pada:http://www.djpb.kkp.go.id/benih/ teknologi/PENGENDALIAN%20PENYAKIT%20IKAN%20MAS.pdf

Mulyani Y. Agus P dan Isni N. 2011. Perbandingan beberapa metode isolasi dna untuk deteksi dini koi herpes virus pada ikan mas cyprinus carpio. Fakultas perikanan dan ilmu kelautan. Universitas padjadjaran

Fitria IH. 2009. Efektivitas Vaksin Dna Dalam Meningkatkan Kelangsungan Hidup Ikan Mas Yang Terinfeksi Koi Herpesvirus (Khv). Skripsi.  Program Studi Teknologi Manajemen. Perikanan Budidaya, Fakultas Perikanan Dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

Irianto Agus. 2005. Patologi Ikan Teleostei. Yogyakarta : Gadjah BMada University Press.

Sari F. 2003. Identifikasi dan Uji Postulat Koch Cendawan penyebab Penyakit Pada Ikan Gurami. Skripsi. Budidaya Perairan, FPIK. IPB

Sulistiyowati E et al. 2010. Preparasi Antigen KHV untuk pencegahan Ibfeksi KHV pada ikan Koi ( Cyprinus carpio). Indonesian Journal Of Veterinary Science & Medicine. Volume 1 Nomor 2.